Araştırmalarımız

Devam etmekte olan projeler:

Yakın Doğu Bölgesinin Arkeogenomik Analizi:
ODTÜ Antik DNA  grubunun çalışmalarının bir parçası olarak Batı Avrasya’da demografik tarihin, sosyal yapının ve insan adaptasyonlarının araştırılması.

Primatlarda testis transkriptomunun evrimi:
Karşılaştırmalı transkriptom ve gelişim evreleri veri setlerini kullanarak testisteki gen anlatımı çeşitliliğinin gelişimsel ve düzenleyici temelleri ile primatlar ve kemirgenler arasındaki doku farklılaşması.
Philipp Khaitovich ve Haiyang Hu, Rori Rohlfs, Xiling Liu, Ding Ding Han ile.

Yaşlanma sürecinde transkriptom düzeyindeki moleküler ve evrimsel mekanizmalar:
Transkriptom verisini kullanarak yaşlanma ile ilgili evrimsel hipotezlerin test edilmesi.

Geçmiş çalışmalarımız (2010 ve sonrası):

İnsan neotenisisnin düzenleyici temelleri:
İnsan neotenisini beyin transkriptomu düzeyinde çalışmıştık.Bu çalışma sırasında insan prefrontal korteksinde geniş çaplı sinaps oluşumunu ve bu oluşumun miRNA ve düzenleyici faktörler tarafından kontrol edildiğini bulmuştuk. Khaitovich’in ekibi insanda bu değişime sebep olan karşıt düzenleyicileri incelemeye devam etmekte.
Çalışma Philipp Khaitovich’in laboratuvarında devam etmekte.

İnsanda evrimsel kısıtlamaların rahatlaması:
Karşılaştırmalı popülasyon verilerini kullanarak insan evrimi sırasında zorunluluğunu yitiren süreçlerin incelenmesi.
Çalışma Rasmus Nielsen’ın laboratuvarında yürütüldü.

Türkiye’de popülasyon genetiği:
Türkiye çapında çeşitli bireylerden elde edilen tüm genom sekansının analizi – Türkiye Genom Projesi..
Cemalettin Bekpen, Can Alkan, Ömer Gökçümen ve Nesrin Özören ile.

Yaşlanma ve Kronik Stres:
Normal yaşlanma süresince ve kronik stres altında transkriptom düzeyinde gözlemlenen benzerlikler.
Jenny Tung ve Noah Snyder-Mackler ile.

Kronik stresin beyin yaşlanması üzerindeki etkisi:
Kadınlarda prefrontal korteksin yaşlanmasının erkeklere göre transkriptom düzeyinde daha hızlı olabileceğini gösterdiğimiz çalışmanın devamı niteliğinde, gözlemlediğimiz olgunun kronik strese mağruz kalmayla açıklanması.
Eva Dogru ve Ayca Egul ile.

Kalori kısıtlamasının primatlardaki beyin yaşlanmasına etkileri:
İnsan ömrünün şempanzeye göre daha uzun olmasının transkriptomda kalori kısıtlamasını taklit eden değişiklerle açıklanamadığını gösterdiğimiz çalışmanın devamı.
Fabienne Aujard, Julia Marchal, Philipp Khaitovich ve Tulin Yanik ile.

Kanser genomiği ve evrimi:
İdrar kesesi kanserinde mutasyon birikiminin ve çok odaklı tümör gelişiminin dinamiğinin anlaşılması.
Nathan Lack, ve Can Alkan ile.

Van inci kefalinin genom evrimi ve uyum mekanizmaları:
İnci kefali  (“pearl mullet”) yüksek oranda bazik sulara (pH9.8) uyum sağlamış canlılara en iyi örneklerden biri. Bu nedenle biz de bu canlının genom evrimini, bazik sulara uyum sağlamasına yardımcı transkriptom düzeyindeki değişiklerin regülasyonunu ve poplasyon genetiğini çalışmayı planlıyoruz.
Can Alkan, Mustafa Sari ve TUBITAK MAM ile.

İnsan genomunun evrimi ve popülasyon genetiği:
Karşılaştırmalı genom ve popülasyon genomu verilerini kullanarak mutasyonlardaki sapmaların ve uyum sağlamaya yarayan değişikliklerin genomdaki izlerinin analizi.
Rasmus Nielsen, Peter Ralph, Matt Dean ve Emilia Huerta Sanchez ile.

Anadolu’dan insan antik DNA’sı:
Neolitik geçiş süresinde ve sonrasında insan adaptasyonu ve popülasyon değişikliklerinin analizi.
İnci Togan ve Ayşegül Birand’ın ekibi, ayrıca Anders Götherström ve Michael Hofreiter ile.
Tepecik-Çiftlik, Çatalhöyük ve Çemialo arkeolojik kazı ekiplerinin katkılarıyla.

Anadolu’da Neandertal karışımı:
Yakın/Orta Doğu’daki popülasyonlara Neandertal DNA’sının katkısının araştırılması.
Ömer Gökçümen ile.

Leave a Reply