araştırmalarımız

Devam etmekte olan projeler:

Primatlarda testis transkriptomunun evrimi
Karşılaştırmalı transkriptom ve gelişim evreleri veri setlerini kullanarak testisteki gen anlatımı çeşitliliğinin gelişimsel ve düzenleyici temelleri ile primatlar ve kemirgenler arasındaki doku farklılaşması
Philipp Khaitovich ve Haiyang Hu ile

Kronik stresin beyin yaşlanması üzerindeki etkisi
Kadınlarda prefrontal korteksin yaşlanmasının erkeklere göre transkriptom düzeyinde daha hızlı olabileceğini gösterdiğimiz çalışmanın devamı niteliğinde, gözlemlediğimiz olgunun kronik strese mağruz kalmayla açıklanması.
Eva Dogru ile

Kanser genomiği ve evrimi
İdrar kesesi kanserinde mutasyon birikiminin ve çok odaklı tümör gelişiminin dinamiğinin anlaşılması
Nathan Lack, ve Can Alkan ile

Van inci kefalinin genom evrimi ve uyum mekanizmaları
İnci kefali  (“pearl mullet”) yüksek oranda bazik sulara (pH9.8) uyum sağlamış canlılara en iyi örneklerden biri. Bu nedenle biz de bu canlının genom evrimini, bazik sulara uyum sağlamasına yardımcı transkriptom düzeyindeki değişiklerin regülasyonunu ve poplasyon genetiğini çalışmayı planlıyoruz
Can Alkan, Mustafa Sari ve TUBITAK MAM ile

Kalori kısıtlamasının primatlardaki beyin yaşlanmasına etkileri
İnsan ömrünün şempanzeye göre daha uzun olmasının transkriptomda kalori kısıtlamasını taklit eden değişiklerle açıklanamadığını gösterdiğimiz çalışmanın devamı
Fabienne Aujard, Julia Marchal, Philipp Khaitovich ve Tulin Yanik ile

İnsan genomunun evrimi ve popülasyon genetiği
Karşılaştırmalı genom ve popülasyon genomu verilerini kullanarak mutasyonlardaki sapmaların ve uyum sağlamaya yarayan değişikliklerin genomdaki izlerinin analizi
Rasmus Nielsen, Peter Ralph, Matt Dean ve Emilia Huerta Sanchez ile

Anadolu’dan insan antik DNAsı
Neolitik geçiş süresinde ve sonrasında insan adaptasyonu ve popülasyon değişiklikeri
Inci Togan ve Aysegul Birand’ın ekibi, ayrıca Anders Gotherstrom ve Michael Hofreiter ile. Tepecik-Çiftlik, Çatalhöyük ve Çemialo arkeolojik kazı ekiplerinin katkılarıyla

Geçmiş çalışmalarımız:

İnsan neotenisisnin düzenleyici temelleri
İnsan neotenisini beyin transkriptomu düzeyinde çalışmıştık.Bu çalışma sırasında insan prefrontal korteksinde geniş çaplı sinaps oluşumunu ve bu oluşumun miRNA ve düzenleyici faktörler tarafından kontrol edildiğini bulmuştuk. Khaitovich’in ekibi insanda bu değişime sebep olan karşıt düzenleyicileri incelemeye devam etmekte.
Çalışma Philipp Khaitovich’in laboratuvarında devam etmekte

İnsanda evrimsel kısıtlamaların rahatlaması
Karşılaştırmalı popülasyon verilerini kullanarak insan evrimi sırasında zorunluluğunu yitiren süreçlerin incelenmesi
Çalışma Rasmus Nielsen’ın laboratuvarında yürütüldü.

Türkiye’de popülasyon genetiği
Türkiye çapında çeşitli bireylerden elde edilen tüm genom sekansının analizi – Türkiye Genom Projesi.
Cemalettin Bekpen, Can Alkan, Ömer Gökçümen ve Nesrin Özören ile

Yaşlanma vs Kronik Stres
Normal yaşlanma süresince ve kronik stres altında transkriptom düzeyinde gözlemlenen benzerlikler
Jenny Tung ve Noah Snyder-Mackler ile

Leave a Reply